Vēsturiski visu profesiju pārstāvji ir veidojuši sava amata biedrības jeb cunftes un pat kastas, ar mērķi saglabāt sava amata noslēpumus noteiktā cilvēku lokā, uzturēt profesijas prestižu, aizstāvēt sava kolektīva biedrus, veicināt sev labvēlīgu apstākļu izveidošanu vai pat noteiktu likumu pieņemšanu. Jūrniecības profesijas pārstāvji nav izņēmums šinī sakarā. Jūrnieku biedrības pastāv visās jūras valstīs un dažādā veidā un attīstoties jūras industrijai, mainās šo biedrību nozīme un saturs, kā piemēram: Kuģu īpašnieku savienības, Kuģniecības savienības, Zēģelētāju savienības, Kuģu mehāniķu biedrība utt..

Par Latvijas Kuģu kapteiņu asociācijas pirmsākumu jāuzskata 1899.gadā dibinātā Rīgas Tālbraucēju kapteiņu biedrība (Рижское общество шкиперов дальнего плавания) ar mērķi veicināt Tēvijas jūrniecības attīstību. Protams, ka biedrības lietvedība notika krievu valodā. Pēc 1. Pasaules kara, 1919.gadā, biedrības darbība atjaunojās ar mērķi apvienot visus Latvijas tālbraucējus kapteiņus, lai veicinātu, izveidotu un attīstītu Latvijas tirdzniecības kuģniecību. Pašsaprotams, ka 1940.gadā visiem zināmu iemeslu dēļ tā beidz pastāvēt.

Pagājušā gadsimta 80-jos gados, augot sabiedriskajai aktivitātei, atsākās arī kapteiņu aktivitātes par atkalapvienošanos un pirmais mēģinājums izveidot kapteiņu biedrību, notiek 1989.gada 5.aprīlī Rīgas vēstures un kuģniecības muzeja telpās, sanākot 127 kuģu kapteiņiem no dažādām jūrniecības un zvejniecības organizācijām. Sanāksmi vada kapteinis Arnolds Zantmans, tiek izskatīti un apstiprināti statūti, apstiprināts nosaukums Latvijas Tālbraucēju Kapteiņu Asociācija (Ассоциация капитанов дальнего плавания Латвии) un asociācijas vadība. Bet sakarā ar vēsturiskajām izmaiņām PSRS struktūrā un dažādu citu iemeslu dēļ aktīva asociācijas darbība nenotiek.

1990.gadā Latvijas kuģniecības kapteiņi nolemj izveidot Latvijas Kuģniecības kapteiņu klubu, par prezidentu ievēlot kapteini Genrihu Pedo. 1992. gadā tiek iesniegts pieteikums Starptautiskajai Kuģu kapteiņu asociāciju federācijai (International Federation of Shipmasters’ Associations-IFSMA) par Kapteiņu kluba iestāšanos šajā starptautiskajā organizācijā.

Latvijai kļūstot par neatkarīgu valsti, arī Latvijas jūrnieki un ar jūras industriju saistītās organizācijas kļūst par pilntiesīgiem starptautiskā darba tirgus dalībniekiem ar visām no tā izrietošām sekām. Kluba darbība paliek mazaktīva, jo daļa kluba vadības, kā arī ievērojams skaits kluba biedru darbojas ne tikai Latvijas kuģniecībā, bet dažādās citās rēderejās un organizācijās. 90-to gadu beigās kluba aktīvā darbība praktiski apstājas. 2000.gadā parāds IFSMAi jau sasniedz 1323 GBP. Situācija Latvijas tēlam nav no labākajām, nerunājot nemaz par Latvijas kapteiņu prestižu starptautiskajā kuģošanā. Aktīvākie kapteiņi analizē iespējas labot radušos situāciju.

2001.gada 12.decembrī, Elizabetes ielā 1, notiek LATVIJAS KUĢU KAPTEIŅU ASOCIĀCIJAS (LKKA) dibināšanas sapulce. Dibināšanas sapulces dalībnieki ir kapteiņi V.Aņisimovs, A.Bārtulis, A.Brokovskis-Vaivods, I.Deņisovs, J.Freimanis, Ē.Grāmatnieks, P.Kukanovs, J.Līckalns, M.Mitriķis, N.Sabadaševs, J.Spridzāns, A.Šapošnikovs, Ā.Zagantis un N.Žeļezņaks. Viņi izveido asociācijas pārvaldes un kontroles institūcijas, apstiprina statūtus un pilnvaro Artūru Brokovski-Vaivodu reģistrēt LKKA Latvijas Republikas Tieslietu ministrijas Uzņēmumu reģistrā kā sabiedrisko organizāciju, kuras nolūks ir apvienot vienā profesionālā organizācijā aktīvos un bijušos jūras kuģu kapteiņus, lai aizsargātu to profesionālos standartus un intereses visos jūrniecības jautājumos un kuģu kapteiņu pienākumu pildīšanai pieņemamā un atzīstamā formā, kā arī lai stiprinātu un atbalstītu kuģu kapteiņu prestižu, popularizētu kuģošanas vēsturi un jūrnieka profesiju. Asociācija bijušā Kapteiņu kluba saistības nepārņem. Par LKKA prezidentu tiek ievēlēts kapteinis Ādolfs Zagantis. Atbilstoši statūtiem par pastāvīgu Asociācijas biedru var būt kuģa kapteinis, kurš strādā vai ir strādājis kapteiņa amatā Latvijas Republikā reģistrētā uzņēmumā.

LKKA statūti tiek reģistrēti un 2002.gada 15.janvārī LR Uzņēmumu R reģistrs izsniedz LKKA s/o Reģistrācijas apliecību ar vienoto reģ. Nr 40008064457. LKKA reģistrācijas adrese: Rīgā, Trijādības ielā 5. Tiek uzsākta asociācijas aktīva darbība, sadarbojoties ar Latvijas Jūrniecības savienību, Latvijas Jūras akadēmiju, Latvijas Kuģu īpašnieku asociāciju, citām sabiedriskajām organizācijām un valsts institūcijām.
2002.gada 4.jūlija kopsapulcē par LKKA prezidentu tiek ievēlēts kapteinis Imants Vikmanis, viceprezidenti Ā.Zagantis un V.Šalajevs, padomes locekļi J.Spridzāns un G.Trukšāns, izpildsekretārs A.Brokovskis-Vaivods. Asociāciju veido 16 tālbraucēji kapteiņi.

2004.gadā LKKA biedru skaits jau ir 70. 2004.gada 15. aprīļa kopsapulcē tiek nolemts paplašināt LKKA padomi, kā arī ievēlēt citu prezidentu, jo kapteinis Imants Vikmanis ir iecelts Latvijas Kuģniecības prezidenta amatā un ir ļoti noslogots jaunajā darbā. Par LKKA prezidentu tiek ievēlēts kapteinis Kārlis Zakss, kas tajā laikā strādā Latvijas Kuģniecības pārvaldē.
Padome sastāv no 2 viceprezidentiem: Ādolfs Zagantis, Jāzeps Spridzāns. un pieciem padomes locekļiem: Vladimirs Čumačenko, Vladimirs Šalajevs,  Aleksandrs Tregubovs, Ēriks Umbraško un Arnolds Zantmans. Izpildsekretārs – Artūrs Brokovskis-Vaivods. Nostiprinās sadarbība ar Latvijas Jūras administrāciju, Latvijas Jūrnieku darbā iekārtošanas kompāniju asociāciju, Latvijas Kuģu īpašnieku asociāciju. Tiek nodrošināta pastāvīga kuģu kapteiņu tikšanās vieta SIA Unimars telpās katra mēneša pirmajā ceturtdienā. Kopā sanākšana notiek uz brīvprātīgas ierašanās principa. Lai popularizētu LKKA un uzlabotu asociācijas biedru informēšanas iespējas tiek izveidota interneta mājas lapa: www.lkka.lv. 2004.gada 8.aprīlī LKKA iestājas Starptautiskajā Kuģu kapteiņu asociāciju federācijā (International Federation of Shipmasters’ Associations - IFSMA) un saņem apliecinājuma sertifikātu.

Kopējais biedru skaits turpina augt un 2006.gada sākumā tas sasniedz 86 biedrus, bet 2007.gada sākumā 118. Tiek izgatavotas LKKA biedru krūšu nozīmītes un pasūtītas biedru vizītkartes. 2007.gada martā LKKA iesniedz IFSMA pieteikumu m/k Ance kapteiņa Viktora Timoščenko nominēšanai uz IMO apbalvojumu Exeptional Bravery at Sea par sekmīgo cilvēku glābšanas darbu operāciju Atlantijas okeānā 2006.gada 3.novembrī. Apbalvojums tika piešķirts IMO 25.Asamblejas laikā 2007.gadā un 2008. gada 01. februārī IMO Apbalvojuma sertifikāts Exeptional Bravery at Sea tieka oficiāli pasniegts kapteinim V.Timoščenko. Pasniegšanas ceremonijā piedalās Kanādas vēstniece Latvijā Polin k-dze.

 2008.gada martā notiek ikgadējā kopsapulce, kurā tiek pieņemts lēmums iestāties Eiropas Kuģu kapteiņu konfederācijā (Confederation of the European Shipmasters` Associations – CESMA) un 2008.gada 27.aprīlī LKKA kļūst par CESMA asociēto biedru, bet no 2010.gada janvāra – par pilntiesīgu CESMA biedru. 2010.gada februārī savas pilnvaras noliek prezidents kapteinis Kārlis Zakss un izpildsekretārs kapteinis Artūrs Brokovskis-Vaivods. Par jauno LKKA prezidentu kopsapulce ievēl kapteini Staņislavu Čakšu, par izpildsekretāru kapteini Juri Miškinu. Viceprezidenti: kapteiņi Jāzeps Spridzāns, Artūrs Brokovskis-Vaivods, padomes locekļi: kapteiņi Aleksandrs Tregubovs, Vladimirs Čumačenko, Vladimirs Šalajevs, Aleksandrs Nadežņikovs, Arnolds Zantmans.  Biedru skaits uz šo brīdi ir sasniedzis  skaitli126. LKKA kopsapulce 2011.gada martā no padomes izslēdz V.Čumačenko un Vladimiru Šalajevu, viņu vietā tiek ievēlēti kapteiņi Artis Ozols un Andrejs Krilovs. 2012.gada sākumā biedru skaits ir 132. Asociācijas desmit gadu pastāvēšanas laikā to dažādu iemeslu dēļ pametuši 23 kapteiņi: seši miruši, četri izstājušies un trīspadsmit izslēgti.

2012.gada kopsapulcē, kura notiek 23.februārī pilnvaras noliek prezidents kapteinis Staņislavs Čakšs un kopsapulce ievēl jaunu prezidentu un pārvēl padomi. Par LKKA prezidentu tiek ievēlēts kapteinis Jāzeps Spridzāns, vice-prezidenti kapteiņi Artūrs Brokovskis-Vaivods un Aleksandrs Tregubovs, izpildsekretārs kapteinis Artis Ozols un padomes locekļi kapteiņi Andris Benefelds, Vadims Likovskis, Ēvalds Grāmatnieks, Kaspars Burkits, Ivo Logins. Tiek uzsākts intensīvs darbs asociācijas darbības aktivizēšanā un popularizēšanā gan valsts, gan starptautiskā mērogā. Asociācijas ilgtspējīgas darbības nodrošināšanai uzsvars tiek likts uz jauno kapteiņu iesaisti asociācijā.

2014.gada 1.janvārī LKKA rindās jau ir 146 kapteiņi, to vidējais vecums 57,8 gadi. 2015.gadā viens biedrs aiziet no dzīves, pieci neaktīvie biedri tiek izslēgti par biedra naudas nemaksāšanu. Tajā pašā laikā līdz 2016.gada 01.janvārim LKKA rindas papildina 32 jauni kapteiņi kopējais biedru skaits LKKA sasniedz 172 kapteiņus – 98 no tiem ir aktīvi jūrā braucēji, 25 strādā krastā un 48 ir pensijā. Vidējais biedru vecums ir 58,4 gadi. Asociācija ir nostiprinājusi sadarbību ar CESMA un IFSMA, Latvijas jūrniecības nozares NVO, nodibinājusi ciešākas saites ar Lietuvas un Igaunijas kapteiņu asociācijām.

2019.gada beigās pasaulē sākās nopietna pandēmija, tāpēc 2020. gadā LKKA biedru kopsapulce nenotika un tika pārcelta uz gadu vēlāk. Arī 2021.gadā pandēmija turpināja plosīt pasauli, tāpēc kopsapulce 30.martā notika attālināti platformā Teams. Sakarā ar valstī noteiktajiem ierobežojumiem nekādi klātienes pasākumi nenotika, arī tradicionālās LKKA Ziemassvētku balles tika atceltas. Uz 2022.gada 1.janvāri LKKA rindās bija 192 biedri. Valstī turpinājās pandēmijas izraisītā ārkārtējā situācija.

2023.gada janvārī asociācijas aktīvo biedru skaits pirmo reizi vēsturē pārsniedza 200 biedru robežu.

2023.gada 16.marta kopsapulcē notiek Padomes pārvēlēšana. Jaunās Padomes sastāvā tiek ievēlēti kapteiņi: Ainārs Austrums, Artūrs Brokovskis–Vaivods, Kaspars Burkits, Ēvalds Grāmatnieks, Vadims Likovskis, Ivo Logins, Artis Ozols, Jāzeps Spridzāns un Normunds Vilkaušs. Par LKKA prezidentu kopsapulcē atkārtoti ievēl kapteini Jāzepu Spridzānu. Padomes sēdē par viceprezidentiem tiek ievēlēti kapteiņi Kaspars Burkits un Normunds Vilkaušs, par izpildsekretāru – kapteinis Artis Ozols.